Для защиты от «миазмов» чумные доктора носили ставшую позднее знаменитой клювастую маску (отсюда их прозвище во время эпидемии«клювастые врачи»). Маска, вначале закрывавшая только лицо, но после возвращения чумы в 1360 году начавшая полностью покрывать голову, делалась из плотной кожи, со стёклами для глаз, а более состоятельные врачи носили клювы из бронзы. Считалось, что маска с клювом, придающая доктору вид древнеегипетского божества, отпугивает болезнь от больного, а красные стекла делают его неуязвимым к инфекции.
Костюм чумного доктора был, как правило, чёрного цвета и делался из плотной толстой ткани, которая пропитывалась жиром, камфарой, воском и их смесями. Полагали, что это снижает шанс заражения от больных чумой. Воск служил защитой от заражения воздушно-капельным путем, а также от блох, основных переносчиков болезни. Он состоял из длинной рубахи, спускавшейся до пят; плаща, заправленного у шеи под маской, который тянулся до самого пола, чтобы скрыть как можно большую поверхность тела; штанов, высоких сапог, а также пары перчаток. Под остальную одежду надевались рыбацкие забродники (полукомбинезон) для защиты ног и паха.
Завершала костюм доктора широкополая кожаная шляпа, под которую надевали капюшон с пелериной, закрывающий стык между маской и одеждой.
Облаченные в перчатки руки врача сжимали два необходимых в его практике предмета: длинную трость, для обследования пациентов, не дотрагиваясь до них, а также самозащиты от зараженных, и скальпель для вскрытия бубонов. В палке-жезле помещался ладан, который должен был защищать от нечистой силы. На шее носилась шкатулочка для ароматических трав и веществ, которые должны были «отпугнуть» чуму — так называемый поммандер.
В качестве дополнительной защиты чумным докторам рекомендовался «хороший глоток вина со специями».