Пантеон классического периода у майя был весьма обилен и сложен. Первоначально это были местные божества, которые с ростом племенных и государственных объединений соединились в одну генеалогическую систему. В пантеоне выделяются группы богов: плодородия и воды, охотничьи боги, божества огня, звёзд и планет, смерти, войны и т. д. согласно мифам майя, вселенная, также как и у науа, состояла из 13 небес и 9 подземных миров. В индейских источниках часто упоминается группа богов Ошлахун-Ти-Ку, повелителей небес.
Красные чак, павахтун и бакаб находились на востоке, белые на севере и т. д. Каждая цветная троица правила годом. Важное значение в пантеоне майя занимал молодой бог кукурузы, изображавшийся в виде юноши в головном уборе, напоминающем початок кукурузы. Среди небесных божеств главным был владыка мира Ицамна, старик с беззубым ртом и морщинистым лицом. Он творец мира, основатель жречества, изобретатель письменности. Большую роль в майяском пантеоне играл бог огня, имевший облик старика с огромным разветвленным носом в виде стилизованного знака огня. В классический период встречаются и антропоморфные его изображения. Из других божеств — бог долин, бог-охотник, бог оленей, боги смерти, боги ягуары и др. Очень чёткий иконографический образ имел бог-носильщик: чёрные лицо и тело, особый глаз, торчащий нос и отвисшая нижняя губа, на лбу у него повязка для ношения грузов и тюков. Из многочисленных женских богинь главную роль играла «красная богиня» изображавшаяся с лапами хищного зверя и змеёй вместо головного убора. Следует назвать также богиню луны, покровительницу ткачества, медицинских знаний и деторождения Иш-Чель. Некоторые божества имели вид животных или птиц. Особой сложностью отличались боги-ягуары, тесно связанные с ольмекской традицией, они имели отношения к охоте, подземному миру, смерти, воинским культам. Чёрный и красный ягуары были связаны с богами дождя и сторонами света. В классический период ягуар, кроме того был, вероятно, родовым богом династий нескольких городов-государств. Одним из самых сложных мифологических образов в пантеоне майя был, несомненно, Кукулькан (Кукулкан). У поздних майя Кукулькан (как и Кетцалькоатль) почитался в качестве бога ветра, бога планеты Венеры и др. Помимо главных божеств, имелось ещё множество местных, а также родовых богов, в число которых включались и обожествлённые предки и герои.
Отдельно надо сказать о представлениях майя о времени. Оно было как бы материальным и существовало в трех различных измерениях. Для человека боги создали время на поверхности земли. Это был обычный годичный календарь с 365 днями. Причём год делился на 18 месяцев, в которых было по 20 дней, а «лишние»5 дней считались майя«несчастливыми». Данный календарь назывался солнечным или земледельческим. Ход человеческого времени по этому календарю осуществлялся сверхъестественными силами небесного и подземного происхождения, которые сходились на земном уровне. Существовал и другой временной цикл — религиозный (астрологический). Он был связан с жизнью и деятельностью богов. Год такого цикла длился 260 дней и был поделён на 20 недель по 13 дней в каждой. Третьим временным циклом было время Верховного бога, бога Творца. Все вышеперечисленные времена соприкасались друг с другом одновременно раз в 52 года. Считалось, что во время их пересечения наступают катаклизмы и катастрофы для всего человечества, поэтому жертвоприношения были в эти периоды особенно часты и обильны, чтобы только умиротворить богов и дать им новых и свежих сил для продолжения их жизнедеятельности. По представлениям майя, вселенная уже просуществовала 4 эпохи. Нынешняя 5-ая эпоха началась 11 августа 3114 года до н. э. и должна закончится 23 декабря 2012 года сильнейшим землетрясением. Вся календарная система у майя была настолько сложной насколько и стабильной. В данной системе есть слово, обозначающее 400 летний временной период, и даже можно было определить день на временном участке в 9 млн. лет.