Первые сообщения, поступившие из Гайаны (государство на северо-востоке Южной Америки, примечательно тем, что является единственной англоязычной страной на континенте) 18 ноября 1978 года содержали информацию о том, что конгрессмен Лео Дж. Райан и четверо его сторонников были застрелены при попытке захода на борт самолёта, ожидающего их на взлётно-посадочной полосе аэропорта Порт-Кайтума.
По случайности, когда Джонс с женой жил в Бразилии несмотря на отсутствие материального благополучия, там же находился и Митрионе. Предположительно Джонс несколько раз ездил в город Белу-Оризонте, в котором располагалась бразильская штаб-квартира ЦРУ, и проживал Митрионе. Судя по заявлениям сторонников ЦРУ-теории Джонс говорил своим бразильским соседям, что работает на Управление Военно-морской Разведки США, которое обеспечивает его необходимым транспортом, деньгами и предоставляет в пользование огромный дом, где он может чувствовать себя настоящим богачом.
Вскоре по возвращении в Америку имея на руках 10,000 долларов, Джонс перевёл «Храм Народов» в Калифорнию. Там он начал возведение построек для хознужд общины и собирался открыть пансионат для престарелых без квалифицированного медицинского персонала и не имея официального разрешения. В течении того времени, как утверждают, Джонс принял на воспитание 150 детей, большинство из который были отправлены в«Храм» по распоряжению суда.
«Храм» стойко ассоциировался с организацией«Уорлд Вижн» (религиозная некоммерческая организация евангельской христианской церкви, занимающаяся вопросами предоставления гуманитарной помощи), которая, как считают многие сторонники теорий заговоров, тоже была прикрытием ЦРУ, и на самом деле занималась поддержкой повстанческой армии УНИТА (Национальный союз за полную независимость Анголы).
Существовали и другие предположительные связи Джонстауна с ЦРУ. Имя Ричарда Дуайера упоминается в книге «Кто есть кто в ЦРУ». Посол США в Гайане Джон Берк и представитель посольства Ричард Маккой были тесно связаны с ЦРУ. Джорджтаунский филиал ЦРУ располагался в здании Посольства США. Дэн Вебер, отправленный в Гайану сразу после массового самоубийства был сотрудником ЦРУ, а Джозеф Блатчфорд, официально назначенный защитник прав выживших после трагедии был причастен к скандалу с внедрением агентов ЦРУ в Корпус Мира (независимое федеральное агентство правительства США).
Участие Ларри Лэйтона в покушении на Райана и его делегацию также привлекает огромный интерес сторонников ЦРУ-теории исходя из его семейных предпосылок. Отцом Лэйтона был доктор Лоуренс Лэйд Лэйтон, руководивший Подразделением Химического Оружия Армии США в 50-х годах. Брат жены Лэйтона, связанный с УНИТА, был тем, кто от имени Джонса договорился с правительством Гайаны об основании Джонстауна.
Другим аспектом, к которому прибегают сторонники ЦРУ-теории в доказательство своей правоты, был тот факт, что несмотря на возрастающие споры вокруг «Храма Народов» Джонс получил полную поддержку от Американского Посольства в Гайане при переезде в Джонстаун.
Убийство Лео Райана видится многим более ужасающим нежели просто проявление неконтролируемого поведения безумца. Райан был известен своей решительной критикой ЦРУ и выступал соавтором Закона Хьюджеса-Райана, который в случае принятия обязывал ЦРУ докладывать Конгрессу обо всех тайных операциях ещё до их начала. Вскоре после смерти Райана Закон Хьюджеса-Райана был отклонён Конгрессом. У сторонников теории заговора возник вопрос: не потому ли Райан был убит, чтобы достичь этой цели, а бойня в Джонстауне была лишь ширмой для отвода глаз от убийства Райана?
Свидетели убийства Райана и ещё 4-х человек описали стрелков так: отстранённый взгляд, походка зомби, отсутствие эмоций. Сторонники ЦРУ-теории любят спрашивать, откуда же взялись эти люди. Судя по официальному докладу на момент трагедии в Джонстауне проживало 1100 человек, но другие источники утверждают, что число было близко к 1200. Было найдено 913 тел и осталось 167 выживших. Но если правильное число 1100, то неизвестными остаются 20 человек. Если они были убийцами, то что с ними случилось? Также неучтёнными и не отмеченными новостными докладами остались вооружённые охранники, которые находились в Джонстауне, но могли свободно покидать и посещать его. Возможно именно их упоминал сотрудник Конгресса в интервью Ассошиэйтед Пресс: «У Джонстауна было 120 белых наёмников с промытыми мозгами, ожидающих команды для нанесения удара».