Boeing 377–10–26 Stratocruiser с заводским номером 15960 и серийным 40 был выпущен компанией Boeing Airplane Company 19 августа 1949 года, а 30 августа совершил свой первый полёт. 28 сентября 1950 года поступил в авиакомпанию Pan American World Airways, где получил регистрационный номер N90944 и имя Clipper Romance of the Skies. В общей сложности самолёт имел налёт 23 690 часов 58 минут.
При начале взлёта и сразу после вылета связь на высокой частоте между диспетчером и экипажем была на хорошем уровне и замечаний не вызывала, в том числе был своевременно установлен контакт сперва с диспетчерской службой аэропорта Сан-Франциско, а затем и Центром управления воздушным движением на гражданских авиалиниях. Когда лайнер поднялся до предписанного эшелона, экипаж перешёл на частоту авиакомпании и, установив связь с диспетчером Pan American, обсудил с ним, что будет докладывать о своём местонахождении в 4 минуты каждого часа, а в 34 минуты каждого часа будет осуществляться «нормальная операция». Первый доклад о местонахождении был сделан в 21:05, а затем, как и было оговорено, экипаж выходил на связь в 4 и 34 минуты каждого часа; последней передачей стал доклад в 01:04. Также перед этим в 00:30 экипаж установил связь с метеорологическим судном November, от которого получил два сообщения с уточнением своего местонахождения.
В ходе расследования возникла версия, что после 01:04 экипаж мог передать ещё сообщение, которое однако не было услышано, хотя ранее на записях переговоров на той же частоте его не нашли. Повторная проверка плёнок с записями подтвердила, что после 01:04 действительно была одна радиопередача, однако очень слабая и противоречивого понимания. На расшифровку этого сообщения было потрачено более трёх месяцев с применением самой современной на тот момент аппаратуры, а также при участии диспетчеров из Pan American, которые знали профессиональный жаргон среди экипажей авиакомпании, но так и не удалось доказать, что данная передача была сделана с борта N90944. Опросили экипажи 44 самолётов, которые в ту роковую ночь пролетали район происшествия за час до и после исчезновения, а также команду судна November, но никто после 01:04 не слышал никакого сообщения от Clipper 944.
Согласно сообщениям с надводных судов, включая November, и самолётов метеоразведки, погода на маршруте Clipper 944 была в целом прогнозируемой: отдельные кучевые и слоисто-кучевые облака с нижней границей 600–900 м и вершинами на 1,5–2,4 км, и разорванные облака от 3,7 км; никто не сообщал о наличии турбулентности, обледенении, молний, грозовой активности или осадках любого рода. Давление прогнозировалось на уровне 764 мм рт. ст, фактически оно составляло 765–767 мм рт. ст. По данным с судна November, в 00:00–06:00 ветер на высотах до 3000 м был направлением 250–270° (западный), скорость на высотах 610 м и 1800 м составляла 8 узлов (4 м/с), на 3000 м — 12 узлов (6 м/с); такая картина совпадала с прогнозом. Волны приходили с направления 300° с периодичностью 11–13 секунд и высотой до 2,4 м. Температура воздуха на высоте 3000 м составляла 4° по Цельсию.
Изучение 19 найденных тел показало, что 10 из них, вероятно, погибли от утопления. В целом на телах отсутствовали обширные травмы, а общее состояние тел привело к заключению, что удар о воду хоть и был сильным, но не настолько, чтобы лайнер разлетелся на мелкие обломки. При этом ни одно из тел не подвергалось воздействию огня до, либо после смерти. Из 14 тел в спасательных жилетах двое оказались детьми, также в ещё одном удалось опознать стюардессу, привязанную к креслу. Опознали командира экипажа и старшего стюарда, а экспертиза синяков и ссадин на их телах показала, что они были привязаны ремнями безопасности. Нашли пять наручных часов, из которых двое остановились от удара в 26 и 27 минут соответственно. Ещё двое часов имели водонепроницаемый корпус, при этом одни продолжали работать и показывали правильное время, а другие оказались залиты водой и остановились в 35 минут. Пятые часы не имели водонепроницаемый корпус и остановились в 28 минут, будучи залиты водой. Учитывая, что в 01:34 экипаж на связь не уже выходил, а водонепроницаемому корпусу требуется значительное время, чтобы его механизм залило водой, время катастрофы было определено как 01:27.