В первом часу ночи 13 июля 1912 г. сын Почетного гражданина Санкт-Петербурга Якова Петровича Беляева Иван сделал по телефону заявление полиции, из которого следовало, что его отец несколько минут назад был убит в собственной квартире в доме №23 по набережной реки Фонтанки. Нарядом полиции, прибывшим немедленно по указанному адресу, было обнаружено тело Я.П. Беляева с двумя огнестрельными ранами. В квартире находились сожительница погибшего, некая Антонина Ивановна Богданович, его средний сын Иван, сделавший заявление в полицию, горничная и кухарка.
Вообще, архив Якова Петровича подвергся тщательному изучению. Он о многом рассказал сыщикам.
Из изучения переписки Беляева удалось установить, что его охлаждение к Богданович началось ещё в 1906 году и это никак не было связано с его знакомством с Виноградовой. Примерно с этого времени он перестает обращаться к Антонине Ивановне на «ты» и переходит на официальное«Вы», ласковые имена и прозвища в текстах писем сменяют обращения по имени — отчеству. Сделанное следователями открытие можно было считать неожиданным, поскольку сама Богданович утверждала на допросах, что её интимные и теплые человеческие отношения с Беляевым поддерживались вплоть до самого последнего времени.
Горничная Беляевых — Прасковья Волкова — будучи допрошенной, заявила, что уже в момент ее приёма на работу в 1911 г. Яков Петрович и Антонина Ивановна спали в разных спальнях и не поддерживали интимных отношений. То же сообщили и сыновья погибшего.
В архиве Беляева было обнаружено письмо, написанное Богданович в 1907 г., в котором последняя требовала выдать ей векселя на сумму «необходимую для обеспечения моего материального положения». Видимо, столкнувшись с крайне неприятным для собственного самолюбия угасанием сексуального интереса к своей персоне, Антонина Ивановна встревожилась и о будущем материальном благополучии. По показаниям племянников Беляева, тот был крайне возмущен как характером такого требования, так и самим его тоном. Поначалу вокруг величины векселей разгорелась полемика, но потом Яков Петрович безоговорочно согласился на условия сожительницы. Очевидно, он решил, что вся эта история прежде всего характеризует саму Антонину Богданович и её отношение к нему, а значит из-за этого бессмысленно ломать копья. Беляев выписал пять стандартных пятитысячных векселей на фамилию Богданович и, глубоко оскорбленный, вручил их женщине со словами: «Вы не понимаете, что Вы берете и что теряете». Впрочем, Антонина Ивановна так, видимо, не думала.
Когда летом 1912 г. со всей остротой стал вопрос об их расставании, именно на эти 25 тыс. рублей Антонина Ивановна потребовала посчитать проценты дохода, как если бы вся эта сумма лежала с 1901 г. (времени начала их совместного проживания) в облигациях Министерства финансов. Листок с такими расчётами Беляев вручил своей убийце за минуту до того, как она стала стрелять. Очевидно, что Яков Петрович был готов заплатить какие угодно проценты, лишь бы только освободиться от приживалки.
В этой истории с подсчетом процентов следует обратить внимание на два любопытных момента. Первое: Богданович потребовала себе не деньги, и даже не облигации Минфина, по доходности которых за много лет возжелала пересчитать всю сумму; нет, Богданович захотела получить именно долговые расписки. Если подумать, то легко можно понять её расчет — заплаченные один раз деньги уйдут из оборота, Беляев, компенсирует разовую выплату и забудет о ней; вексель же будет висеть над головой как дамоклов меч, ибо его можно предъявить ко взысканию в самый неудобный, невыгодный в силу коньюктурного неблагополучия, момент. Кроме того, вексель можно выставить для продажи на бирже и, что еще важнее — продать конкуренту, занимающегося скупкой долгов с целью их совокупного предъявления для взыскания большой суммы. Одним словом вексель для Богданович — это способ создания проблем для Беляева в будущем; это невысказанная угроза, которую Беляев, разумеется, понял. Потому-то он так и возмутился требованию Антонины Ивановны.
Наконец, второй любопытный момент, на который следует обратить внимание: получив векселя в 1907 г., Богданович потребовала посчитать доходность на их сумму аж с 1901 г. Казалось бы, почему? Почему бы не потребовать со времён Наполеона или Ледового побоища? В этом требовании красноречиво раскрылась та гамма чувств, что кипели в душе Богданович — досада, жадность, озлобление. Только любви там не было! Богданович словно бы наказывала Беляева за каждый год, что он провел с нею; получалось так, что он, оплачивая её туалеты, поездки за границу, роскошную жизнь в столице тем не менее с каждым годом оказывался всё больше и больше должен.