Впервые в отечественной истории выражение «Тайная канцелярия» («Канцелярия тайных дел») было применено Петром Первым к небольшой комиссии, состоявшей из 4 членов при одном председателе, которой в 1718 г. надлежало расследовать дело о заговоре Цесаревича Алексея. По замыслу Монарха после всестороннего изучения этого дела новое учреждение следовало упразднить.
Надо сказать, что в процессе развития сыска техника допросов претерпела весьма существенные изменения. Следственный конвейр в России впервые применил Петр Первый. Это случилось при организации им «великого сыска» во время расследования обстоятельств стрелецкого мятежа 1698 г. Смысл монаршего нововведения заключался в том, что пытка обвиняемого начиналась в отсутствие следователя, так сказать в«превентивном порядке». То, как палач измывался над жертвой никто не контролировал; следователь с писарем подходили позже для того лишь, чтобы узнать, готов ли обвиняемый дать признательные показания под запись в протокол. Петр Первый пошел на столь чудовищное попрание всех процессуальных норм и здравого смысла из — за того, что количество пыточных застенков, оборудованных для мучений стрельцов, превышало число следователей (14 и 8 соотетственно), а потому последние не могли присутствовать одновременно на всех допросах под пыткой.
Понятно, что такая методика организации допроса создавала благоприятную почву для разного рода злоупотреблений. Историческая литература пестрит описаниями весьма мрачных деталей пыток, которым подвергались подследственные как в петровское время, так и во времена «Тайной канцелярии» Анны Иоанновны. В 1736 г. Василия Дмитриевича Головина пытали прикладыванием углей к открытым ранам, оставленным на спине кнутом, после чего раскаленными иглами«прочистили под ногтями». Всего через три года — виюне 1740 г. — Артемию Петровичу Волынскому на допросе вырвали язык и при этом разорвали щеки до ушей. Бывший свидетелемего страданий Александр Нарышкин расплакался. Подобное калечение подследственных, лишавшее всякого смысла дальнейшие допросы, обычно осуществлялось после окончания следствия. Причинение страданий обвиняемому делалось самоцелью такой пытки.
Несмотря на глубокую секретность расследований, жуткие подробности допросов под пыткой все же просачивались в общество, формируя у людей весьма негативное отношение как к самой «Тайной канцелярии», так и методам ее работы. Обеспокоенная этим, Императрица Елизавета Петровна в 1742 г. подписала именной Указ, который фактически положил конец как практике «следственного конвейра», так и палаческому произволу во время допроса. Этим Указом устанавливался регламент допроса под пыткой и перечислялись лица, чье присутствие считалось необходимым для проведения допроса. Императрица постоянно держала в поле зрения работу своей секретной полиции, не перепоручая другим лицам контрольные функции. Именно из доклада, подготовленного в 1755 г. для представления Императрице, мы знаем сегодня точный порядок проведения допроса «с пристрастием», имеем достоверные описания орудий пыток и способов их применения. Этот доклад можно назвать своего рода «квинтэссенцией» палаческого опыта, наработанного тремя десятилетиями неустанной работы заплечных дел мастеров«Тайной канцелярии».
При проведении пытки считалось необходимым непосредственное присутствие в пыточной камере (т. н. застенке) следующих лиц:
а) судей (следователей), которые составляли перечень вопросов к обвиняемому, а также определяли достоверность получаемых ответов на основании материалов дела;
б) секретаря суда (следственной комиссии), который составлял официальный акт (протокол) о проведенном следственном действии (допросе, очной ставке, принесении повинной, передопросе и пр.);
в) подъячего — сотрудника «Тайной канцелярии», который вел в произвольной форме запись всех действий, происходящих взастенке, и дословно фиксировал все сказанное во время допроса; на основании этих записей подъячего секретарь и составлял затем свой акт, включавший наиболее существенные моменты допроса;
г) доктора, которому надлежало контролировать физическое состояние допрашиваемого и своевременное оказывать ему необходимую помощь. Запрещалось нахождение в пыточной камере любых посторонних лиц, а также солдат конвоя.