26 октября (7 ноября) 1858 года около часа дня Михаил Стахович возвращался в коляске из Ельца с обедни в своё имение Пальна (ныне Пальна-Михайловка). Его жена, немка по национальности, в это время жила в Пруссии у своих родственников — формально продолжая оставаться супругами, на деле Стаховичи уже давно проживали отдельно.
На аресте Мокринского следствие не закончилось. Быстрота, с которой был убит Стахович, отсутствие следов использования какого-либо орудия убийства, а также то, что погибший был человеком крепким по телосложению, указывали на невозможность совершения преступления одним человеком. Поиски соучастника оказались непростой задачей: как впоследствии оказалось, подельник Мокринского действовал предельно осторожно, следуя заранее составленному и тщательно продуманному плану. Этим человеком был чиновник, письмоводитель Стаховича Дмитрий Алексеевич Киндяков.
26 октября, в день убийства, Киндякова несколько раз видели в городе Задонске. В дообеденное время он был замечен в церкви, а во время и после обеда — на постоялом дворе вместе с женой. С учётом того, что смерть Стаховича наступила примерно в два часа дня, а расстояние от Задонска до Пальны составляло более 60 вёрст, письмоводитель имел, казалось бы, безупречное алиби. Несмотря на это, следователь Мироненко, уверенный в виновности Киндякова, инициировал проведение ряда розыскных мероприятий как на пути из Пальны в Задонск, так и в самом уездном городе. После осмотра местности, анализа и проверки многочисленных слухов, опроса более тридцати свидетелей, некоторым из которых Мироненко уделил особое внимание, у следствия не осталось сомнений по поводу причастности письмоводителя Стаховича к убийству предводителя дворянства.
Как выяснилось, Киндяков приехал в Задонск утром в субботу 25 октября, за день до произошедшего. Весь этот день, как и утро последующего дня, он провёл там. 26 октября после полудня некоторые из дворовых в Пальне видели, как Киндяков вышел из аллеи господского сада, проследовал в дом и, поздоровавшись в передней комнате с Мокринским, вошёл в кабинет Стаховича. Когда же последний вернулся домой и, также поприветствовав бурмистра, прошёл в девичью комнату, Киндяков незаметно для него прокрался из кабинета в зал. Дальнейшие события, включая непосредственно убийство предводителя дворянства, так и не были восстановлены следствием: убийцы так и не рассказали, как проходил процесс умерщвления Стаховича, и какова была степень участия в нём каждого из злоумышленников. Известно лишь то, что, задушив жертву, Мокринский и Киндяков сделали из галстука петлю, продели туда голову мертвеца и, притащив тело к двери, укрепили галстук к ключу в дверном замке.
Поездку из Задонска в Пальну и обратно письмоводитель осуществил на тройке с задонским ямщиком Никитой Семёновичем Дурневым, крестьянином села Понаринское, известным благодаря своей лихой манере езды. В дороге Киндяков, как в дальнейшем показал ямщик, «усердно поил» его водкой (по другой версии, вином), имея при себе, что примечательно, не только бутылку водки, но и стакан. Кроме того, седок постоянно торопил Дурнева, ссылаясь на то, что он якобы опаздывает к Стаховичу на обед. Близ Пальны Киндяков велел ямщику остановиться в котловине неподалёку от леса и приблизительно через два часа после его ухода переехать на другое, указанное им, место. Дав извозчику необходимые указания, письмоводитель сказал, что дойдёт до поместья пешком, однако Дурнев отказывался отпускать его, опасаясь, что седок хочет уйти, не расплатившись. Сумев успокоить ямщика и заверить его в своей порядочности, Киндяков отправился в путь, но, пройдя буквально несколько шагов, вернулся и попросил Дурнева отпрячь для него одну из лошадей, чтобы он смог быстрее добраться до Пальны. Тот долго колебался, но в конце концов поддался на уговоры Киндякова, отстегнул пристяжную пегую лошадь и передал письмоводителю. Оседлав животное, Киндяков скрылся в лесу.