26 октября (7 ноября) 1858 года около часа дня Михаил Стахович возвращался в коляске из Ельца с обедни в своё имение Пальна (ныне Пальна-Михайловка). Его жена, немка по национальности, в это время жила в Пруссии у своих родственников — формально продолжая оставаться супругами, на деле Стаховичи уже давно проживали отдельно.
Разоблачить Киндякова помогла случайность. Один из крестьян, подвергшихся допросу со стороны следствия, показал, что примерно через полчаса после убийства он видел в поле человека, скачущего верхом на лошади пегой окраски. Для того, чтобы установить личность данного человека, Мироненко предписал найти пегую лошадь в пределах осматриваемой в процессе следствия территории. В процессе поисков невдалеке от Задонска ему удалось обнаружить именно ту лошадь, на которой письмоводитель в день преступления добирался до имения Стаховича. Её хозяин, ямщик Никита Дурнев, в ходе расспроса сообщил: в воскресенье какой-то господин нанимал его на тройке, в состав которой входила именно эта пегая лошадь. По описанию «господина» данному извозчиком, следователь определил, что это был именно письмоводитель Стаховича, тем более, что на него уже однажды падало подозрение: один из мальчиков в Пальне говорил, будто бы видел Киндякова из сада, когда тот стоял у окошка в комнате. Для того, чтобы окончательно убедиться в виновности нового подозреваемого, следствию требовалось выяснить, был ли письмоводитель 26 октября в Задонске или нет, выезжал ли оттуда в имение или оставался в городе и вообще как провёл этот день. В итоге выяснилось, что в то воскресенье Киндяков был в церкви у средней обедни, после чего на квартиру, где он останавливался в Задонске, уже не возвращался. Где он был до сумерек, никто не знал — в поле зрения горожан Киндяков попал только в седьмом часу вечера.
Расстояние от Задонска до Пальны составляло не менее 50 вёрст. При самой скорой езде с отдыхом для лошадей поездка туда и обратно заняла бы, по меньшей мере, 9 часов. Принимая во внимание то, что в Задонске Киндякова видели между 8 и 9 часами утра (когда заканчивается средняя обедня), а потом между 6 и 7 часами вечера, следователь сделал вывод, что за промежуточный период времени злоумышленник имел возможность привести в исполнение задуманный план. С учётом же того, что преступление было хорошо продумано, а Киндяков в пути наверняка погонял ямщика, требуя ехать живее, сомнений в виновности этого человека у Мироненко не оставалось. Как показали результаты следствия, Киндяков действовал гораздо более продуманно и настойчиво, нежели Мокринский. Поняв, что подозрение падает на него, письмоводитель стал пытаться запутать следствие: прибыв в Пальну уже задолго после гибели Стаховича, он подсылал представителям местной власти и следователю записки, в которых говорилось, будто бы в день убийства в имении видели не его, а кого-то другого. Впрочем, несмотря на все приложенные подозреваемым усилия, в конечном итоге он подвергся аресту.
В остроге Мокринский и Киндяков пробыли несколько лет, пока продолжалось дело. Невзирая на значительное количество серьёзных улик и свидетельских показаний, письмоводитель так и не сознался в содеянном. После окончания допросов и очных ставок он начал уклоняться от ответов на вопросы следователя, объявив, будто бы обладает некоей тайной по делу об убийстве Стаховича, доверить которую он может только высшему руководству, и что после его доклада у следствия уже не возникнет никаких вопросов. Мокринский, в свою очередь, после длительного периода времени, проведённого в остроге, не выдержал и во всём признался. В конечном итоге суд признал обоих обвиняемых виновными в совершении убийства, приговорив их к длительным каторжным работам в Сибири. В 1860-х годах, по слухам, Киндякову удалось бежать с каторги. Дальнейшая судьба — как его, так и Мокринского — неизвестна.
Основная версия, поддерживаемая следствием и большинством источников по теме, указывает на то, что убийство Стаховича было совершено из корыстных побуждений. Мокринский, в соответствии с данной версией, узнал от письмоводителя Киндякова о том, что из Орла Стаховичу была передана крупная сумма денег, и, вступив в сговор с Киндяковым, убил его с целью грабежа. Впрочем, в деньгах бурмистр не нуждался: пользуясь доверием и хорошим отношением к себе со стороны Стаховича, Мокринский, управляя большим и богатым имением в отсутствие барина, зачастую злоупотреблял вверенными ему полномочиями, крал, имел массу запутанных денежных расчётов, и всё это сходило ему с рук. С. В. Максимов, близкий знакомый Стаховича вспоминал: